电子显微镜由镜筒、真空体系和电源柜三部分构成。镜筒主要有电子枪、电子透镜、样品架、荧光屏和照相机构等部件，这些部件通常是自上而下地装配成一个柱体；真空体系由机械真空泵、扩散泵和真空阀门等构成，并通过抽气管道与镜筒相联接；电源柜由高压发生器、励磁电流稳流器和种种调治控制单位构成。

　　电子透镜是电子显微镜镜筒中非常紧张的部件，它用一个对称于镜筒轴线的空间电场或磁场使电子轨迹向轴线弯曲形成聚焦，其好处与玻璃凸透镜使光束聚焦的好处类似，所以称为电子透镜。现代电子显微镜大多采用电磁透镜，由非常巩固的直流励磁电流通过带极靴的线圈产生的强磁场使电子聚焦。

　　电子枪是由钨丝热阴极、栅极和阴极构成的部件。它能发射并形成速度均匀的电子束，所以加速电压的巩固度要求不低于万分之一。